La novedad más comentada para este juego es, sin lugar a dudas, la posibilidad de cambiar de dimensión (no hay más que mirar el reverso de la caja del juego) que es sin duda lo que hace al juego más único (aunque no es todo). Mario conseguirá esta habilidad al poco de empezar la aventura, y le permitirá lo que todo jugador que haya estado esperando este juego con ansias conoce: cambiar desde las dos a las tres dimensiones, nuestro héroe podrá realizar esta habilidad si se pulsa A en el wiimote. Esta habilidad, por supuesto, no es un mero agregado estético, siendo muy útil a lo largo del juego, ya que no llegaremos muy lejos si jugamos el juego exclusivamente en dos dimensiones. Un ejemplo claro lo tenemos al poco de conseguir esta habilidad, en el primer nivel del primer mundo nos toparemos con un barranco aparentemente insalvable ¿qué deberíamos hacer?, tras pulsar A, Mario cambiará a las tres dimensiones y veremos que dos montañas, aparentemente decorativas, pueden ser usadas como improvisados caminos para salvar el gran agujero. Por supuesto, la habilidad tendrá usos en muchos lugares del juego, que de repente vemos unas terribles rocas que caen por una cuesta, pues no hay más que cambiar de dimensión para que las rocas se conviertan en inofensivos papelitos de dos dimensiones y podamos pasar tranquilamente entre ellas, asimismo, si tenemos ante nosotros una gran pared, seguro que al pasar a las tres dimensiones, veremos un camino por el que podremos rodearla, asimismo, muchos enemigos se convierten en inofensivas criaturas planas al pasar a las tres dimensiones (aunque hay algunos capaces de moverse tanto en dos como tres dimensiones). Cambiando a tres dimensiones, Mario tendrá diversos beneficios, como conseguir más monedas o hacer que aparezcan más bloques de interrogación donde aparentemente solo había uno, amén de golpear unos bloques especiales que solo son visibles en tres dimensiones. Evidentemente, solo pasando a tres dimensiones podremos encontrar caminos ocultos que nos conducirán a sustanciosas recompensas o bien a seguir avanzando por el nivel en cuestión. Hay que tener asimismo cuidado con el cambio entre dimensiones, Mario puede quedar suspendido en el aire y caer estrepitosamente, cosa que podremos arreglar pulsando 2 para saltar después en la dirección deseada. Usar las tres dimensiones consume energía, representada por una serie de cuadraditos que irán disminuyendo conforme mantengamos el poder, si se agota toda esa energía, Mario recibirá daño (aunque tan solo un punto). 

Y, hablando del combate, como no podía ser de otra manera, los turnos ya no existen, convirtiendo este Super Paper Mario en un “action RPG”. Los enemigos deben ser derrotados a la manera usual: con saltos sobre sus cabezas, podremos terminar con muchos rivales pisándoles, aunque, a la usanza de un RPG, estos tienen puntos de vida, y tendremos que agotárselos pisándolos o golpeándolos con algo, o también podemos cambiar de dimensión y esquivarlos si poseen alguna inmunidad. Cabe destacar que Mario puede realizar acrobacias saltando sobre los enemigos, si agitamos el wiimote tras aterrizar sobre un malo, podremos realizar una serie de movimientos acrobáticos mientras el enemigo siga con vida y sigamos agitando el wiimote, aparecerá más público a los lados de la pantalla cuantas más acrobacias seamos capaces de realizar, con personajes como toads y shy guys, en un guiño al segundo Paper Mario, cuantos más salgan, más puntos se consiguen. Los enemigos asimismo se valdrán de estados anormales para hacerle a Mario la puñeta, tales como sueño, congelación, veneno, lentitud, impedirle usar habilidades, no dejarle saltar e incluso invertir los controles, muchos de estos estados anormales, como el sueño, se pueden superar agitando rápidamente el wiimote hasta que se llene una barra, para otros habrá que usar objetos. Cabe destacar que los objetos (los de ataque sobre todo) han de ser usados efectuando acciones con el mando de Wii, como moverlo en la dirección que se nos indique en la pantalla. 

Como ya se ha comentado más arriba, Mario no estará solo durante su periplo, y contará con ayuda desde dos lados. En el primer lado tenemos a otros tres personajes más que se unirán a Mario en determinados momentos del juego y podremos cambiar entre ellos y manejarlos, y sus habilidades nos servirán para pasar determinados tramos de juego. El primer personaje que se unirá a nosotros será la rubia Peach, que podrá planear con su sombrilla (botón 2) para salvar grandes distancias (aunque no podrá flotar como en el Super Mario Bros 2, una pena) también puede usar su particular arma como protección contra enemigos y objetos peligrosos pulsando abajo en el wiimote. Bowser, que le tocará una vez más aliarse con Mario contra un enemigo común, se mueve muy despacio (y pesa tanto que no puede subir escaleras), pero hace más daño que nadie a los enemigos saltando y puede calcinar enemigos y determinados obstáculos con su aliento pulsando abajo. Por último contamos con Luigi, tendremos que pasar mucho juego para conseguirlo, destaca por tener el mejor salto de todos, con el que llegaremos a plataformas muy altas. Desgraciadamente, solo Mario es capaz de cambiar de dimensión, lo que hace a los demás personajes menos útiles, que posiblemente solo se usarán cuando haya algún obstáculo que requiera de su habilidad. 

Un segundo aliado de Mario serán los pixelitos, la mariposa Pisti es el primero de ellos, pero iremos encontrando más a lo largo de los niveles, Mario y compañía pueden a un pixelito, sin contar a Pisti, que siempre estará presente (o casi), esta nos permitirá, desplazando el puntero con el wiimote, descubrir puertas y otros elementos ocultos por el escenario y volverlos visibles tras pulsar A, así como analizar cualquier enemigo o personaje que toque (pulsando A). Otros pixelitos nos permitirán efectuar una serie de habilidades, que se activarán pulsando el botón 1, como coger objetos, poner bombas para destruir bloques molestos, dar culetazos, volvernos finos hasta ser casi invisibles y pasar por lugares estrechos, e incluso uno es capaz de convertirse en plataforma para pasar por lugares peligrosos, como los siempre odiosos pinchos. Hay algunos pixelitos bastante útiles, mientras que otros solo se usarán en determinadas circunstancias. Hay también pixelitos ocultos no imprescindibles para acabar el juego. 

Por supuesto, pese a que es un juego muy plataformero, existen toques de RPG, tenemos algunas ciudades que tenemos que visitar, donde encontraremos personas con las que hablar y tiendas donde gastar nuestras monedas en útiles objetos, algunos diálogos, y además Mario y sus amigos pueden subir de nivel liquidando muchos monstruos de papel, algo que se verá reflejado sobre todo en la cantidad de corazones de vida de los que disponemos y puntos de ataque, que irán aumentando, así que se recomienda encarecidamente acabar con todo bicho viviente. 

Si bien la inmensa mayoría de los niveles son plataformas puras hay otros tipos de nivel que aportan variedad al juego, como alguno que otro de exploración (como en el segundo mundo, cuando nos tocará buscar rubíes para pagar un costoso jarrón) e incluso visitaremos el espacio exterior, en un par de niveles de matamarcianos a la vieja usanza. 

La longitud del juego es media, tenemos ocho mundos por delante, cada uno con cuatro niveles, a lo que hay que añadir los interludios entre ellos, cuando tengamos un corazón puro que tendremos que dejar en un pilar escondido en Villacara. Desgraciadamente, dada la capacidad de enganche que posee Super Paper Mario se le puede hacer bastante corto a los jugadores más raudos, sobre todo porque los niveles no son excesivamente largos. Por si el juego no parece suficientemente largo, hay algunas tareas opcionales, como la obtención de cromos de personajes y enemigos dispersos en el juego o comprables en tiendas en sobres sorpresa (como las Magic), o usando los cromos trampa, que convierten a los enemigos en cartas (si aciertan). Las de personajes son meramente informativas, aunque de las de enemigos podemos sacar partido, ya que una carta de un determinado enemigo hará que hagamos más daño a ese enemigo al atacarle por el mero hecho de tenerla. Asimismo, podremos hacernos con una serie de recetas mediante las cuales una cocinera de Villacara nos podrá preparar jugosos platos, estilo T. Nancy del Paper Mario de Gamecube. 

Dejando aparte el coleccionismo, el juego tiene nada menos que dos zonas secretas para los jugadores más exigentes, las 100 mazmorras del Paper Mario 2 reaparecen en este juego, con una pequeña salvedad, ahora hay 200 mazmorras. Tendremos que superarla derribando a todos los enemigos en cada uno de los cien niveles, la cosa está en que tendremos que terminarnos las mazmorras una segunda vez tras la primera, donde los enemigos serán versiones oscuras de los malos del juego, bastante más poderosas. Por supuesto, aparecerá el jefazo de rigor al final, uno para cada una de las dos zonas, del cual destaca especialmente el segundo.